Absences, congés et arrêt maladie :
gérer sans risque de contentieux

Congé, arrêt maladie ou absence injustifiée : réagir selon le cas

Une absence peut être autorisée, médicalement justifiée ou fautive.

Tout d’abord, le congé maintient le contrat et la rémunération. Pour les congés payés, acquis à raison de deux jours et demi ouvrables par mois de travail effectif (article L. 3141-3 du code du travail), l’employeur arrête l’ordre des départs et en fixe les dates (article L. 3141-16), sans pouvoir réduire les droits déjà acquis. Il doit en outre pouvoir établir qu’il a mis le salarié en mesure de prendre ses congés, sans quoi il risque de les payer une seconde fois. Les congés pour événements familiaux relèvent de la même logique d’autorisation (articles L. 3142-1 et suivants du code du travail).

Ensuite, l’arrêt maladie suspend le contrat sans le rompre. Le salarié perçoit les indemnités journalières de la Sécurité sociale et, sous condition notamment d’un an d’ancienneté, un complément de salaire à la charge de l’employeur (article L. 1226-1). Lorsque l’arrêt a une origine professionnelle, il bénéficie en outre d’une protection renforcée contre la rupture (articles L. 1226-7 et L. 1226-9). Le dirigeant ne peut tirer aucune conséquence disciplinaire de la maladie. Celle-ci constitue un motif de discrimination prohibé, et tout licenciement fondé sur l’état de santé est nul (article L. 1132-1).

Enfin, l’absence sans justification est un manquement du salarié, qui ne fournit plus son travail et ne perçoit donc aucune rémunération. L’entreprise ne peut la sanctionner qu’après avoir mis l’intéressé en demeure de reprendre ou de justifier son absence. Demeurée sans réponse, cette mise en demeure peut, en cas d’abandon de poste, faire présumer la démission du salarié (article L. 1237-1-1). Un délai minimal de quinze jours doit lui être laissé (article R. 1237-13 du code du travail).

Fixer les dates de congés et s’assurer qu’ils sont pris

Le salarié acquiert deux jours et demi ouvrables de congés payés par mois de travail effectif, soit trente jours ouvrables sur une année complète (article L. 3141-3 du code du travail). La période d’acquisition s’étend en principe du 1er juin au 31 mai, sauf accord fixant une autre référence (article L. 3141-10).

La fixation des dates relève de l’employeur, qui établit l’ordre des départs en tenant compte de la situation de famille, de l’ancienneté et de l’activité éventuelle du salarié chez un autre employeur (article L. 3141-16). Une fois communiqué, cet ordre ne peut plus être modifié dans le mois qui précède le départ, sauf circonstances exceptionnelles. L’employeur doit en outre accorder un congé principal d’au moins douze jours ouvrables continus, pris en principe entre le 1er mai et le 31 octobre (articles L. 3141-13 et L. 3141-19). Lorsque ce congé est fractionné hors de cette période, le salarié acquiert un ou deux jours supplémentaires selon le nombre de jours pris en dehors, sauf renonciation ou aménagement par accord (article L. 3141-23).

L’entreprise doit mettre les salariés en mesure de prendre leurs congés, faute de quoi ces derniers conservent leurs droits et peuvent en réclamer le paiement (CJUE, 6 novembre 2018, C-684/16, dont la chambre sociale fait application). Sur un dossier de congés, je suis souvent amené à vérifier que l’employeur a clairement informé chaque salarié de ses droits à congés et l’a invité à les solder en temps utile.

Ce que l’employeur doit payer pendant un arrêt maladie

L’arrêt de travail n’ouvre pas un droit automatique au maintien de salaire. L’article L. 1226-1 réserve l’indemnité complémentaire au salarié qui réunit, au premier jour de l’absence, quatre conditions. Il doit justifier d’au moins un an d’ancienneté, avoir transmis son arrêt dans les quarante-huit heures, être pris en charge par la Sécurité sociale et enfin recevoir des soins en France ou dans l’Espace économique européen. Les salariés saisonniers, intermittents, temporaires et à domicile en sont écartés.

L’indemnité complémentaire porte la rémunération à quatre-vingt-dix pour cent du brut pendant les trente premiers jours, puis aux deux tiers pendant les trente jours suivants, indemnités journalières déduites. Ces durées s’allongent de dix jours par tranche de cinq ans d’ancienneté, sans que chacune dépasse quatre-vingt-dix jours. Le complément est dû dès le huitième jour pour une maladie non professionnelle, après un délai de carence de sept jours, et dès le premier jour pour un accident du travail ou une maladie professionnelle.

Ces règles ne fixent qu’un minimum, que les conventions collectives améliorent souvent en allongeant la durée du maintien ou en supprimant la carence.

Le coût pour l’employeur dépend du plafond des indemnités journalières, abaissé depuis le 1er avril 2025. Le décret n° 2025-160 du 20 février 2025 a ramené de 1,8 à 1,4 fois le SMIC le salaire pris en compte par la Sécurité sociale, ce qui plafonne l’indemnité journalière brute à un peu moins de 42 euros pour les arrêts en cours en 2026 (42,97 euros à compter du 1er juillet 2026). Comme l’employeur complète la rémunération sous déduction de ces indemnités, sa charge augmente d’autant pour les salaires supérieurs à ce plafond. Ainsi, pour une rémunération de 3 000 euros bruts par mois, l’indemnité plafonnée représente environ 1 260 euros sur trente jours et le complément maintenu à quatre-vingt-dix pour cent du brut s’élève à environ 1 440 euros, soit un reste à charge accru d’environ 220 euros par mois d’arrêt depuis l’abaissement du plafond.

Le mécanisme de la subrogation simplifie la gestion du paiement puisque, sur demande de l’employeur portée sur l’attestation de salaire, la caisse lui verse directement les indemnités journalières.

Vérifier un arrêt de travail grâce à la contre-visite médicale

Pendant son arrêt, le salarié reste tenu de transmettre son avis d’arrêt à la caisse et à l’employeur dans les quarante-huit heures. Il doit aussi respecter les heures de sortie fixées par le médecin et n’exercer aucune activité incompatible avec son état.

L’employeur qui verse un complément de salaire peut, en contrepartie, faire contrôler le bien-fondé de l’arrêt par un médecin qu’il mandate. Encadrée par le décret du 5 juillet 2024 (articles R. 1226-10 et suivants), cette contre-visite porte sur le caractère justifié de l’arrêt comme sur sa durée.

Le salarié doit communiquer à l’employeur, dès le début de l’arrêt et à chaque changement, son lieu de repos s’il diffère de son domicile, ainsi que les horaires de présence lorsqu’il bénéficie de sorties libres. Le médecin se présente alors sans préavis au domicile, en dehors des heures de sortie autorisées, ou convoque le salarié à son cabinet.

Si le médecin conclut que l’arrêt n’est pas justifié ou que le salarié s’est rendu indisponible au contrôle, l’employeur peut suspendre le complément qu’il versait, et le médecin transmet son rapport au service du contrôle médical dans les quarante-huit heures (article L. 315-1 du code de la sécurité sociale), sur la base duquel la caisse peut à son tour suspendre les indemnités journalières. Ces deux suspensions restent des décisions distinctes, car le Conseil constitutionnel a écarté tout effet automatique du contrôle patronal sur les prestations de la Sécurité sociale.

Un employeur reçoit les arrêts successifs d’un salarié dont l’activité paraît se poursuivre ailleurs. Plutôt que de retenir le salaire de sa propre initiative, il fait procéder à une contre-visite à domicile. Le salarié n’avait signalé aucun autre lieu de repos et se trouve absent aux heures où il devait être présent, si bien que le médecin conclut à un arrêt injustifié. L’employeur suspend alors le complément qu’il versait et conserve le rapport, transmis à la caisse, à qui revient la décision sur les indemnités journalières.

Les congés payés acquis pendant l’arrêt maladie depuis 2024

La loi du 22 avril 2024 a aligné le droit français sur le droit de l’Union et renversé une règle ancienne. L’arrêt de travail pour maladie fait désormais acquérir des congés payés, qu’il ait ou non une origine professionnelle (article L. 3141-5 du code du travail).

Pour une maladie ou un accident sans caractère professionnel, le salarié acquiert deux jours ouvrables de congés par mois d’absence, dans la limite de vingt-quatre jours ouvrables par période de référence (article L. 3141-5-1). Pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, l’acquisition se fait au rythme de droit commun de deux jours et demi par mois, et la limite d’un an qui existait auparavant a disparu.

Les congés acquis pendant un arrêt qui empêche de les prendre bénéficient d’un report de quinze mois (articles L. 3141-19-1 et suivants). Ce délai court à compter du jour où l’employeur informe le salarié de ses droits après la reprise, ou, pour un arrêt d’au moins un an couvrant toute la période d’acquisition, à compter de la fin de celle-ci. L’employeur doit délivrer cette information dans le mois qui suit la reprise, en précisant le nombre de jours disponibles et la date limite pour les poser.

La réforme produit un effet rétroactif au 1er décembre 2009. Les salariés encore en poste disposaient d’un délai de forclusion de deux ans, expiré le 24 avril 2026, pour réclamer les droits non acquis au titre d’arrêts antérieurs. Pour un salarié ayant quitté l’entreprise, l’indemnité compensatrice relève de la prescription salariale de trois ans, dont le point de départ ne court qu’à compter du moment où l’employeur l’a mis en mesure de prendre ses congés (Cass. soc., 13 septembre 2023, n° 22-10.529).

Je me garde de considérer le sujet comme clos depuis cette échéance. La Cour de cassation a jugé en novembre 2025 que des congés reportés ne sont pas perdus si un nouvel arrêt a empêché de les prendre avant le terme. L’employeur doit alors prouver qu’il avait mis le salarié en mesure de les solder (Cass. soc., 13 novembre 2025, n° 24-14.084). Elle a précisé en janvier 2026 que le plafond de vingt-quatre jours s’apprécie par période d’acquisition (Cass. soc., 21 janvier 2026, n° 24-22.228).

Quand un salarié tombe malade pendant ses congés

Pendant longtemps, le salarié qui tombait malade au cours de ses congés ne pouvait pas récupérer les jours couverts par l’arrêt. Ils étaient réputés pris, donc consommés, sauf disposition conventionnelle plus favorable.

La Cour de cassation a renversé cette règle le 10 septembre 2025 (Cass. soc., 10 septembre 2025, n° 23-22.732), pour aligner le droit français sur une directive européenne. Le salarié placé en arrêt maladie pendant ses congés a désormais le droit de récupérer les jours qui coïncident avec l’arrêt, à la condition d’avoir notifié cet arrêt à l’employeur. La portée de cette solution sur la cinquième semaine reste discutée.

Le sort des jours de congé dépend du moment de l’arrêt. Un arrêt qui débute avant le départ suspend le congé, simplement décalé à une date ultérieure. Mais s’il survient une fois les congés commencés, il ne consomme plus les jours qu’il recouvre, qui sont recrédités au solde et reportés selon les règles légales.

De l’absence injustifiée à la présomption de démission

Une absence devient injustifiée lorsque le salarié ne reprend pas son poste, ou cesse de se présenter, sans transmettre de motif. Avant d’en tirer la moindre conséquence, l’employeur le met en demeure, par écrit, de reprendre le travail ou de justifier son absence. Restée sans réponse, cette mise en demeure établit le caractère volontaire de l’abandon et ouvre la voie à la rupture.

La présomption de démission, instituée par la loi du 21 décembre 2022 et applicable depuis le décret du 17 avril 2023, repose précisément sur cette mise en demeure (article L. 1237-1-1 du code du travail). Adressée par lettre recommandée ou remise en main propre contre décharge, elle accorde au salarié un délai de reprise fixé par l’employeur, mais qui ne peut être inférieur à quinze jours à compter de sa présentation (article R. 1237-13). Elle doit aussi avertir le salarié qu’au terme de ce délai, faute de reprise ou de justification, il sera présumé démissionnaire. Sans cette mention, la présomption ne peut pas jouer (CE, 18 décembre 2024, n° 473640).

Le salarié qui laisse expirer ce délai sans reprendre ni justifier son absence est présumé démissionnaire, et la rupture produit les effets d’une démission, sans indemnité ni allocation chômage. Cette présomption n’est cependant pas définitive. Le salarié peut saisir le Conseil de prud’hommes, tenu de statuer dans le mois, et échapper à la démission s’il établit un motif légitime, comme un état de santé, l’exercice du droit de retrait ou de grève, ou le refus d’une modification de son contrat décidée par l’employeur.

L’employeur n’est pas tenu d’emprunter cette voie et conserve la possibilité d’un licenciement pour faute. La Cour de cassation n’a pas encore tranché entre les deux, mais je tiens la présomption de démission pour la voie la plus sûre lorsque l’employeur entend seulement tirer les conséquences d’un départ non annoncé.

Licencier après une longue absence sans risquer la nullité

Un employeur ne peut pas licencier un salarié parce qu’il est malade. L’état de santé est un motif de discrimination interdit, si bien qu’un licenciement fondé sur la maladie ou sur l’arrêt de travail est nul (article L. 1132-1 du code du travail). Le salarié est alors en droit d’obtenir sa réintégration ainsi que le paiement des salaires perdus depuis son éviction.

Toutefois, lorsque les absences d’un salarié se prolongent ou se répètent au point de désorganiser l’entreprise et de la contraindre à un remplacement durable, l’employeur est fondé à rompre le contrat. Le motif de licenciement réside alors dans cette désorganisation et dans la nécessité d’y remédier.

Deux conditions doivent être réunies pour justifier le licenciement. D’une part, l’employeur doit pouvoir prouver, par des éléments concrets, que le fonctionnement de l’entreprise entière est atteint, et non celui du seul service du salarié. Cette preuve est plus aisée à apporter lorsque le poste concerné est qualifié ou difficile à pourvoir. D’autre part, il doit avoir remplacé définitivement l’absent, par une embauche en contrat à durée indéterminée sur un poste équivalent, intervenue dans un délai raisonnable de quelques mois après le licenciement. Un intérim ou un contrat à durée déterminée ne saurait caractériser ce remplacement définitif.

Cette voie se referme cependant lorsque les absences trouvent leur origine dans un manquement de l’employeur à son obligation de sécurité, par exemple un harcèlement ou des conditions de travail dégradées.

La lettre de licenciement doit énoncer ces deux motifs, la désorganisation et le remplacement, sans jamais mentionner l’état de santé. Ainsi, une lettre qui se borne à invoquer la durée de l’arrêt, sans démontrer la désorganisation ni le remplacement, encourt la même nullité que le licenciement discriminatoire.

Organiser le retour du salarié et gérer une inaptitude

Au retour d’un arrêt prolongé, l’employeur doit faire passer au salarié une visite de reprise auprès du médecin du travail. Elle est obligatoire après un congé de maternité, après une absence pour maladie professionnelle quelle qu’en soit la durée, après un arrêt d’au moins trente jours pour accident du travail, et après un arrêt d’au moins soixante jours pour maladie ou accident non professionnel (article R. 4624-31 du code du travail).

Dès qu’il connaît la date de fin de l’arrêt, l’employeur saisit le service de santé au travail, qui organise la visite le jour de la reprise ou, au plus tard, dans les huit jours. Tant qu’elle n’a pas eu lieu, le contrat reste suspendu et le salarié n’est pas tenu de reprendre son poste.

En pratique, le service de santé au travail, souvent débordé, ne propose pas toujours de rendez-vous dans ce délai. Cette saturation n’exonère pas l’employeur, qui a déjà été condamné à indemniser le salarié malgré plusieurs relances (Cass. soc., 9 décembre 2015, n° 14-20.377). Mieux vaut donc saisir le service par écrit dès la date de reprise connue et conserver la trace de chaque relance. Et dès que le salarié se tient à la disposition de l’entreprise pour reprendre, son salaire lui est dû, avant même que la visite ait eu lieu.

La visite peut conduire le médecin du travail à déclarer le salarié inapte à son poste. L’employeur doit alors chercher à le reclasser sur un emploi approprié à ses capacités, après avis du comité social et économique, sauf lorsque l’avis d’inaptitude dispense expressément de toute recherche (articles L. 1226-2 et L. 1226-10). Si aucun poste ne convient ou si le salarié refuse celui qui lui est proposé, l’employeur peut le licencier pour inaptitude.

Ce licenciement pour inaptitude est la seconde voie de rupture ouverte par un arrêt prolongé, aux côtés de la désorganisation assortie d’un remplacement définitif, à cette différence qu’il repose sur un constat médical, là où l’autre suppose une atteinte au fonctionnement de l’entreprise. Une fois l’inaptitude prononcée, l’employeur dispose d’un mois pour reclasser ou licencier le salarié. Passé ce délai, il doit reprendre le versement du salaire, même si le salarié ne travaille pas (article L. 1226-4).

Un retour délicat s’anticipe pendant l’arrêt lui-même. Pour toute absence qui dépasse trente jours, l’employeur doit informer le salarié qu’il peut demander une visite de préreprise auprès du médecin du travail (article L. 4624-2-4). Cette visite permet d’étudier à l’avance un aménagement de poste ou un reclassement, et d’éviter de découvrir une inaptitude le jour même de la reprise.

Les erreurs qui coûtent cher dans la gestion des absences

Dans la plupart des dossiers, les difficultés liées aux absences tiennent moins à la complexité des règles de droit applicable qu’à des erreurs de gestion. La plus banale, surtout dans les petites entreprises, tient à une réaction inadaptée dès les premiers jours. Une absence injustifiée laissée sans réaction, ou un accident du travail pris pour une maladie ordinaire, faussent d’emblée la paie ou la procédure, parfois les deux.

Le suivi des absences pose lui aussi problème. Le décompte se fait parfois trop tard, une fois les échéances passées, et les congés acquis pendant l’arrêt comme les dates de report ne sont pas toujours suivis au fil de l’eau. Par ailleurs, les délais ne sont pas toujours pris en compte. Le mois imparti pour informer le salarié de ses droits, les huit jours de la visite de reprise et les quinze jours de la mise en demeure ne se rattrapent pas une fois écoulés, et le moindre dépassement rejaillit sur la régularité de la suite.

La rupture prononcée après une absence prolongée donne lieu aux erreurs les plus coûteuses. Elle ne peut jamais se fonder sur la maladie, et suppose soit une désorganisation de l’entreprise accompagnée d’un remplacement définitif, soit une inaptitude constatée par le médecin du travail. Décidée alors que les pièces justificatives ne sont pas réunies ni la voie arrêtée, elle expose l’entreprise à une requalification, voire à la nullité lorsque la lettre s’aventure sur le terrain de l’état de santé.