Arrêt maladie long :
ce qui se passe quand les indemnités journalières s’arrêtent au bout d’un an

Qui perd ses indemnités journalières au bout d’un an ?

Le Gouvernement a ramené de trois ans à un an la durée maximale d’indemnisation des salariés dont l’arrêt de travail est dû à une affection de longue durée (ALD) dite « non exonérante » [1]. Une telle affection n’ouvre pas droit à la prise en charge des soins à 100 %. Le médecin-conseil de l’Assurance maladie la reconnaît lorsque la maladie nécessite un arrêt de travail ou des soins continus d’une durée prévisible supérieure à six mois [2]. La nouvelle durée figure à l’article R. 323-1 du Code de la sécurité sociale, dans sa rédaction issue du décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026.

Les salariés dont l’affection de longue durée ouvre la prise en charge à 100 % conservent une durée maximale de trois ans. Ceux dont l’arrêt n’a pas été rattaché à une affection de longue durée restent soumis à la règle ordinaire, soit 360 indemnités journalières sur une période de trois ans [2]. Dans un arrêt continu, ce plafond est atteint au bout d’un an environ, de sorte que les affections de longue durée non prises en charge à 100 % se trouvent soumises à la même limite que les arrêts ordinaires.

Les arrêts dus à un accident du travail ou à une maladie professionnelle relèvent d’un régime distinct et plus favorable [3], qui échappe à la durée d’un an [1]. Le salarié dont la maladie a été causée par son travail a donc intérêt à demander, avec son médecin, qu’elle soit reconnue comme maladie professionnelle [3].

Le nom de la maladie ne suffit pas pour savoir dans quelle catégorie se trouve un salarié. Un protocole de soins, rédigé par le médecin traitant et soumis à l’accord du médecin-conseil, est établi pour les deux catégories d’affections. Seule l’exonération du ticket modérateur, c’est-à-dire la prise en charge des soins à 100 %, fait conserver les trois ans. Elle figure sur l’attestation de droits du salarié [2]. Le salarié peut demander à son médecin traitant s’il remplit les conditions de cette prise en charge. En cas de doute, le salarié interrogera sa caisse primaire d’assurance maladie, par exemple depuis son compte ameli. La caisse connaît le régime appliqué à son arrêt et la date à laquelle le versement doit cesser.

Le salarié peut contester une décision de la caisse, de même que le refus de reconnaître son affection de longue durée ou la fin de ses indemnités. Il dispose de deux mois à compter de la notification pour saisir la commission de recours indiquée dans la décision. Lorsque la décision repose sur un avis médical, comme le refus de reconnaître une affection de longue durée, cette commission est la commission médicale de recours amiable. Sa décision peut ensuite être contestée devant le tribunal judiciaire [4].

La nouvelle durée s’applique aux arrêts prescrits à partir du 15 octobre 2026. Selon l’article 3 du décret, elle s’applique également aux arrêts en cours à cette date [1]. Le salarié dont l’arrêt avait déjà atteint six mois avant le 15 octobre 2026 conserve toutefois l’ancienne durée de trois ans [5]. Le même article maintient aussi les trois ans au salarié dont l’affection de longue durée avait déjà été reconnue par l’Assurance maladie à cette date, jusqu’à la fin de la période de trois ans déjà commencée [1]. Celui dont l’arrêt n’avait pas atteint six mois avant le 15 octobre et dont l’affection n’était pas encore reconnue à cette date relève de la nouvelle durée.

Une fois la durée épuisée, l’affection de longue durée n’ouvre une nouvelle période d’indemnisation qu’après une reprise du travail d’au moins un an [5]. Une reprise de quelques semaines suivie d’un nouvel arrêt pour la même affection ne donne donc droit à aucune indemnité journalière. Pour les arrêts ordinaires, un nouvel arrêt n’est indemnisé que dans la limite de 360 indemnités sur une période glissante de trois ans [2].

Ce que perçoit le salarié pendant l’arrêt et ce qui s’arrête avant

Pendant un arrêt maladie, le salarié perçoit les indemnités journalières de l’Assurance maladie, le complément de salaire versé par l’employeur et, le cas échéant, les prestations du contrat de prévoyance de l’entreprise. Les indemnités journalières sont en principe versées à partir du quatrième jour d’arrêt. Elles sont égales à la moitié du salaire journalier brut moyen des trois mois précédant l’arrêt, ces salaires étant retenus dans la limite de 1,4 fois le Smic, soit au plus 42,97 euros brut par jour depuis le 1er juillet 2026 [6]. Le plafond de 1,4 fois le Smic s’applique aux arrêts commencés depuis le 1er avril 2025. Le complément de l’employeur prend fin bien avant les indemnités journalières.

Le salarié qui compte un an d’ancienneté, qui a justifié de son arrêt dans les quarante-huit heures et qui est pris en charge par la sécurité sociale reçoit de son employeur un complément aux indemnités journalières à partir du huitième jour d’absence [7]. Pendant trente jours, ce complément lui assure 90 % de la rémunération brute qu’il aurait perçue s’il avait travaillé, puis les deux tiers de cette rémunération pendant les trente jours suivants. Chacune de ces durées augmente de dix jours par période entière de cinq ans d’ancienneté au-delà de la première année, dans la limite de quatre-vingt-dix jours. Un salarié qui compte onze ans d’ancienneté reçoit ainsi 90 % pendant cinquante jours, puis les deux tiers pendant cinquante jours. Les absences déjà indemnisées au cours des douze mois précédents sont déduites de ces durées [8]. La convention collective prévoit souvent un maintien de salaire plus long ou plus élevé.

Le contrat de prévoyance souscrit par l’employeur prend fréquemment le relais par des indemnités complémentaires, puis par une rente en cas d’invalidité. Ses conditions figurent dans la notice d’information, que le salarié peut demander à son employeur ou à l’organisme assureur. De nombreux contrats versent leurs indemnités en complément de celles de l’Assurance maladie. Le maintien de ces indemnités lorsque la caisse cesse de payer dépend alors de la rédaction du contrat, qu’il est judicieux de lire avant toute autre démarche.

Après la fin des indemnités, le contrat reste suspendu et le salaire n’est pas dû

La fin des indemnités journalières ne rompt pas le contrat de travail. En effet, tant que son médecin prolonge l’arrêt, le salarié reste en arrêt de travail et son contrat demeure suspendu. Son absence reste justifiée si les prolongations sont transmises à l’employeur, qui ne peut alors pas la traiter comme un abandon de poste.

Le contrat étant suspendu, l’employeur ne doit aucun salaire. Le salarié ne peut pas non plus prétendre à l’allocation chômage, puisqu’il reste lié par son contrat. S’il n’est pas couvert par un contrat de prévoyance et tant qu’aucune pension d’invalidité ne lui est attribuée, il ne perçoit aucun revenu de remplacement, hormis les aides soumises à condition de ressources (ex : revenu de solidarité active, allocation aux adultes handicapés).

L’employeur constate de son côté une absence qui se prolonge sans terme connu. Il peut proposer un rendez-vous de liaison, attendre la reprise ou envisager un licenciement fondé sur la désorganisation de l’entreprise, qui obéit à des conditions strictes exposées plus loin. Sans attendre ces décisions de l’employeur, le salarié peut préparer sa reprise ou la constatation de son inaptitude pendant qu’il est encore indemnisé.

Préparer l’échéance pendant l’arrêt

Le salarié peut demander à sa caisse la date à laquelle ses indemnités cesseront. Avant cette date, il échangera avec son médecin traitant et le médecin du travail de ce qu’il fera ensuite, qu’il s’agisse d’un temps partiel thérapeutique, d’une reprise à temps plein, d’une demande de pension d’invalidité ou d’une déclaration d’inaptitude.

À partir de trente jours d’arrêt, l’employeur ou le salarié peut demander un rendez-vous de liaison, auquel le service de prévention et de santé au travail est associé. Ce rendez-vous sert à informer le salarié des actions de prévention de la désinsertion professionnelle, de la visite de préreprise et des mesures d’aménagement du poste. Le salarié peut refuser de s’y rendre sans que ce refus puisse lui être reproché [9].

La visite de préreprise prépare le retour au travail. Elle est ouverte au salarié en arrêt depuis plus de trente jours, à sa demande ou à celle de son médecin traitant, du service médical de l’Assurance maladie ou du médecin du travail. L’employeur doit informer le salarié de la possibilité de la solliciter. Le médecin du travail peut y recommander des aménagements du poste, des préconisations de reclassement ou des formations en vue d’une réorientation. Il en informe l’employeur et le médecin-conseil, sauf opposition du salarié. Pendant l’arrêt, le salarié peut aussi, avec l’accord de sa caisse, suivre une formation, effectuer un essai encadré dans une entreprise ou conclure une convention de rééducation professionnelle. La reconnaissance de la qualité de travailleur handicapé lui ouvre en outre des aides au maintien dans l’emploi [10].

En temps partiel thérapeutique, le salarié reprend le travail à temps réduit et perçoit des indemnités journalières qui compensent en partie la perte de salaire [11]. Le temps partiel thérapeutique suppose une prescription du médecin traitant et l’accord du médecin-conseil. Ses modalités se fixent avec l’employeur et le médecin du travail. L’employeur peut le refuser s’il le juge incompatible avec le fonctionnement de l’entreprise, mais il doit faire connaître ses motifs par écrit lorsque le médecin du travail l’a préconisé [11].

Le temps partiel thérapeutique peut être indemnisé jusqu’à un an au-delà de la durée maximale d’indemnisation, et le décret du 16 septembre 2026 a conservé ce mécanisme en l’adaptant aux nouvelles durées [1] [11]. Mieux vaut préparer ce passage avec le médecin traitant avant la fin de l’arrêt indemnisé et faire confirmer par la caisse la durée accordée.

À l’échéance, reprendre, demander une pension d’invalidité ou être déclaré inapte

À l’échéance, le salarié peut reprendre le travail à temps plein ou en temps partiel thérapeutique. Il peut aussi solliciter une pension d’invalidité ou demander au médecin du travail de se prononcer sur son aptitude. S’il n’emprunte aucune de ces voies et que son médecin prolonge l’arrêt, il se retrouve sans indemnités.

Reprendre le travail. Le salarié qui ne fait pas prolonger son arrêt informe son employeur de la date de sa reprise. Après une absence d’au moins soixante jours pour une maladie non professionnelle, l’employeur saisit le service de prévention et de santé au travail, qui organise la visite de reprise le jour de la reprise effective ou dans les huit jours qui suivent. Pour les arrêts prescrits à partir du 15 juin 2026, cette visite n’est pas obligatoire si une visite de préreprise passée dans les trente jours précédant la reprise n’a conclu à aucun aménagement. Le médecin du travail, l’employeur ou le salarié peut toutefois la demander [12]. Lorsque l’arrêt a pris fin et que l’employeur, informé de la reprise, tarde à organiser la visite, le salarié qui se tient à sa disposition a droit à son salaire [12].

Le médecin du travail peut déclarer le salarié apte, proposer des aménagements du poste ou du temps de travail, ou constater une inaptitude. Comme un nouvel arrêt pour la même affection, dans l’année qui suit la reprise, n’ouvre pas de nouvelle période d’indemnisation lorsque les droits sont épuisés (point 01), le salarié a intérêt à ne reprendre qu’avec les aménagements dont il a besoin.

Demander une pension d’invalidité. L’Assurance maladie attribue une pension d’invalidité à l’assuré dont la capacité de travail ou de gain est réduite d’au moins deux tiers. La pension de l’invalide capable d’exercer une activité rémunérée, classé en première catégorie, est égale à 30 % du salaire annuel moyen des dix meilleures années, retenu dans la limite du plafond de la sécurité sociale. Celle de l’invalide absolument incapable d’exercer une profession quelconque, classé en deuxième catégorie, est égale à 50 % de ce salaire [13]. La pension suppose une durée minimale d’immatriculation et un minimum d’heures travaillées ou de cotisations, et celle de première catégorie peut se cumuler, dans une certaine limite, avec le salaire d’une reprise à temps partiel. La caisse peut reconnaître l’invalidité lorsque l’état de santé est stabilisé ou à la fin des indemnités journalières. Elle examine souvent la question à l’approche de cette échéance. Le salarié peut aussi en faire la demande avec son médecin traitant. Le refus de pension ou la catégorie retenue peuvent être contestés dans les deux mois de la notification, selon la voie indiquée dans la décision [4].

Le classement en invalidité ne rompt pas le contrat de travail. Lorsque le salarié informe son employeur de son classement en deuxième catégorie, l’employeur doit organiser la visite de reprise, sauf si le salarié a fait connaître sa volonté de ne pas reprendre le travail. L’envoi de nouveaux arrêts de travail ne suffit pas, à lui seul, à exprimer cette volonté [14]. Cette visite débouche le plus souvent sur une déclaration d’inaptitude.

Être déclaré inapte. Le médecin du travail constate l’inaptitude, le plus souvent lors de la visite de reprise. Il peut aussi la constater pendant l’arrêt de travail, lors d’un examen demandé par le salarié. Lorsqu’il ne peut pas reprendre son poste et ne perçoit plus ni indemnités ni salaire, le salarié peut demander lui-même à être examiné par le médecin du travail. Une visite de reprise organisée par l’employeur permet également de constater l’inaptitude, même si le salarié a envoyé une prolongation de son arrêt [15]. Une autre voie consiste à ne pas faire prolonger l’arrêt et à demander à l’employeur d’organiser la visite de reprise. La fin de l’arrêt peut toutefois interrompre les prestations de prévoyance, ce qu’il est indispensable de vérifier dans le contrat.

Le médecin du travail déclare le salarié inapte lorsque, après une étude du poste et un échange avec le salarié et l’employeur, il constate qu’aucune mesure d’aménagement, d’adaptation ou de transformation du poste n’est possible et que l’état de santé du salarié justifie un changement de poste [16]. S’il le déclare apte, le salarié qui n’est plus en arrêt doit reprendre son poste. Le salarié comme l’employeur peut contester l’avis devant le conseil de prud’hommes dans les quinze jours de sa notification [17].

Après une déclaration d’inaptitude, l’employeur doit rechercher un reclassement adapté aux conclusions du médecin, sauf si l’avis mentionne expressément que tout maintien du salarié dans un emploi serait gravement préjudiciable à sa santé ou que son état de santé fait obstacle à tout reclassement dans un emploi [16]. S’il n’a ni reclassé ni licencié le salarié un mois après l’examen, il reprend le versement du salaire correspondant à son emploi. Ce salaire est dû même si le salarié lui adresse de nouveaux arrêts de travail. L’employeur ne peut pas en déduire les indemnités journalières ni les prestations de prévoyance [18]. Entre l’avis d’inaptitude et la reprise du salaire un mois plus tard, l’employeur ne verse rien. L’indemnité temporaire d’inaptitude, qui couvre cette période en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, n’est pas due lorsque l’inaptitude a une origine non professionnelle [19]. Pendant cette période, le salarié ne perçoit, selon sa situation, que des indemnités journalières s’il est encore en arrêt indemnisé, une pension d’invalidité ou des prestations de prévoyance. En cas de licenciement, le préavis n’est ni exécuté ni payé, mais sa durée est prise en compte pour le calcul de l’indemnité de licenciement [18].

Lorsque l’inaptitude trouve son origine, au moins en partie, dans un accident du travail ou une maladie professionnelle et que l’employeur connaissait cette origine au moment de la rupture, le licenciement obéit à un régime plus protecteur, qui double l’indemnité légale de licenciement et y ajoute une indemnité égale à l’indemnité de préavis [20]. Ce régime ne dépend pas de la décision de la caisse sur le caractère professionnel de l’accident ou de la maladie [20].

Le salarié licencié reçoit avec son solde de tout compte l’indemnité compensatrice des congés payés acquis pendant son arrêt. Ces congés s’acquièrent à raison de deux jours ouvrables par mois d’arrêt, dans la limite de vingt-quatre jours par période de référence, sous réserve des règles de report propres aux arrêts de longue durée [21]. S’il est encore en arrêt, ses indemnités journalières continuent de lui être versées après la rupture, tant que ses droits ne sont pas épuisés. L’allocation chômage ne prend le relais qu’à la fin de l’arrêt. Il peut s’inscrire à France Travail. S’il a droit à l’allocation chômage, il conserve la couverture prévoyance de l’entreprise pendant une durée égale à celle de son indemnisation, dans la limite de la durée de son dernier contrat et de douze mois [22]. Les prestations de prévoyance nées pendant le contrat, comme les indemnités en cours de versement ou une rente d’invalidité consécutive à l’arrêt, restent en principe dues après la rupture, dans les conditions prévues par la notice [22]. La procédure est détaillée dans ma page sur le licenciement pour inaptitude.

Si l’employeur licencie le salarié pendant l’arrêt

L’employeur ne peut pas licencier un salarié en raison de son état de santé [23]. Il peut en revanche licencier le salarié dont l’absence prolongée désorganise l’entreprise au point de rendre nécessaire son remplacement définitif. Il lui appartient alors de prouver cette désorganisation et de justifier, dans un délai raisonnable, du remplacement définitif du salarié par une embauche en contrat à durée indéterminée [24]. Il ne peut pas invoquer cette désorganisation lorsque l’absence résulte d’un manquement à son obligation de sécurité (par exemple, une surcharge de travail). Lorsque l’absence résulte d’un harcèlement moral, le licenciement est nul [24].

Lorsque l’employeur ne rapporte pas la preuve de la désorganisation, le licenciement peut être jugé sans cause réelle et sérieuse. Dans une décision du 9 septembre 2026, la Cour de cassation a jugé qu’un licenciement pour désorganisation ne suffit pas, à lui seul, à faire présumer une discrimination liée à l’état de santé, même lorsque l’employeur ne prouve pas la désorganisation. Elle a donc cassé la décision de la Cour d’appel qui avait annulé le licenciement pour ce seul motif [25]. Le salarié qui invoque une discrimination doit présenter d’autres éléments, par exemple des propos ou des courriels de l’employeur relatifs à sa maladie. L’employeur doit alors prouver que sa décision repose sur des éléments objectifs étrangers à toute discrimination [23]. Le licenciement sans cause réelle et sérieuse est indemnisé dans les limites du barème légal, là où la nullité ouvre droit, au choix du salarié, à la réintégration ou à une indemnité d’au moins six mois de salaire [26], comme l’expose l’article consacré au licenciement nul.

Lorsque l’arrêt est dû à un accident du travail ou à une maladie professionnelle et que l’employeur en connaît l’origine, il ne peut rompre le contrat pendant l’arrêt que pour faute grave ou s’il est dans l’impossibilité de le maintenir pour un motif étranger à l’accident ou à la maladie. À défaut, la rupture est nulle [27].

La convention collective peut aussi interdire le licenciement pour absence pendant une période qu’elle fixe.

Le salarié dispose de douze mois à compter de la notification du licenciement pour le contester devant le Conseil de prud’hommes [28]. Ce délai est porté à cinq ans lorsqu’il invoque une discrimination, à compter de la révélation de celle-ci, ou un harcèlement moral, à compter du licenciement [28]. Dans la mesure où ce délai de cinq ans ne vaut que pour ces deux motifs, mieux vaut saisir le conseil dans les douze mois. La date limite peut être vérifiée avec le calculateur de délais aux prud’hommes.